ההבדל בין GM- ולא GM-יבולים כבר להפריז, ברגע שהנדסה גנטית הוחל על גידול יבול. ההבנה הבלתי מעורערת בקרב מדענים ובפרט בקהילת הערכת הסיכונים שהייתה יבולי GM פוזה כמה סיכונים חדשניים, תקדים ביבולים שגדלו באופן קונבנציונלי. אז זה מרוכז באו"ם קרטחנה פרוטוקול על בטיחות ביולוגית, אשר צריכה להיחקר בהיבטים בסיסיים מסוימים.
לאחר שלב מוקדם של הערכת סיכונים, הכולל את התוצאות של ועידת Asilomar על בטיחות ביולוגית, פער בשלב מוקדם במושגים בסיסיים הערכת סיכונים התפתח בין קנדה, ארה"ב ואירופה, כולל רוב המדינות החתומות של האו"ם. חוקרים כמו ורנר ארבר, בהתבסס על תובנות קודמות מולקולריות ועל הניסיון שלו בטענת שהנדסה גנטית הקשורים לתהליכים מולקולריים אין הבדל בין הנדסה גנטית ומוטציה טבעית. פער הטראנס זה ניתן לפתור עם כמה הליכים רגולטוריים חדשניים יותר.