Forskellen mellem GM- og ikke-GM-afgrøder er blevet overvurderet, så snart gensplejsning er blevet anvendt til planteavl. Den ubestridte forståelse blandt forskere og især i risikovurderingen samfund var, at GM-afgrøder udgøre nogle nye risici, fortilfælde i konventionelle afgrøder. Dette har derefter kondenseret i FN Cartagena-protokollen om biosikkerhed, som skal blive afhørt på visse grundlæggende aspekter.
Efter en tidlig fase af risikovurderingen, herunder resultaterne af Asilomar-konferencen om biosikkerhed, en tidlig kløft i risikovurderinger grundbegreber udviklet sig mellem Canada, USA og Europa, herunder et flertal af FN underskrivende lande. Forskere som Werner Arber, baseret på tidligere molekylære indsigt og på hans egne erfaringer med gensplejsning hævder, at relateret til molekylære processer er der ingen forskel mellem genetisk teknik og naturlig mutation. Denne transatlantiske kløft kan løses med nogle mere innovative lovgivningsmæssige procedurer.