Site-directed Nuclease (SDN) genom redigering involverer brugen af forskellige DNA-skærende enzymer (nukleaser) som er rettet til at skære DNA'et på et forudbestemt sted af en række forskellige DNA-bindingssystemer. Efter snittet er lavet, cellens egen DNA-reparationsmekanisme genkender bruddet og reparerer skaden, ved hjælp af en af to veje, der er naturligt til stede i celler:
- ikke-homolog endeforbindelse (NHEJ): Det afskårne DNA sammenføjes igen, men mens du gør dette, kan nogle få basepar blive spist væk eller tilføjet, hvilket resulterer i tilfældige små deletioner (op til 20) eller tilføjelser (et par basepar) af nukleotider på skæringsstedet.
- homologi-styret reparation (HDR): et donor-DNA, der bærer den ønskede ændring og har homologi med målstedet, bruges til at introducere denne ændring på snitstedet. På denne måde kan du indføre specifikke bevidste indsættelser, ændringer eller sletninger.


Genom redigering tillader den forsætlige og præcise knock-out af en uønsket egenskab eller (vedr)introduktion af en ønsket egenskab.
Nuklease-medierede genom-redigeringsteknikker inkluderer: