Nuclease, орієнтоване на сайт (SDN) редагування геному передбачає використання різних ферментів, що розрізають ДНК (нуклеази) які спрямовані на розрізання ДНК у заздалегідь визначеному місці за допомогою різноманітних систем зв’язування ДНК. Після зроблений розріз, власний механізм відновлення ДНК клітини розпізнає розрив і усуває пошкодження, використовуючи один із двох шляхів, які природно присутні в клітинах:
- негомологічні кінцеві з’єднання (NHEJ): Розрізана ДНК знову з’єднується, але при цьому кілька пар основ можуть бути з’їдені або додані, що призведе до випадкових невеликих видалень (аж до 20) або доповнення (кілька пар основ) нуклеотидів у місці розрізу.
- репарація, спрямована на гомологію (HDR): ДНК донора, яка несе бажану зміну та має гомологію з цільовою ділянкою, використовується для введення цієї зміни в ділянку розрізу. Таким чином ви можете ввести конкретні навмисні вставки, зміни або видалення.


Редагування геному дозволяє навмисно та точно вилучити небажану ознаку або (повторно)впровадження бажаної ознаки.
Методи редагування геному за допомогою нуклеази включають: